Dos años después de los acontecimientos de la Cuarta Gran Guerra Ninja, la luna que Hagoromo Otsutsuki creado hace mucho tiempo para sellar a la Estatua Gedo comienza a descender hacia el mundo, amenazando con convertirse en un meteorito que destruiría todo en el impacto. En medio de esta crisis, un descendiente directo de Kaguya Otsutsuki llamado Toneri Otsutsuki intenta secuestrar a Hinata Hyuga pero termina por secuestrar a su hermana menor Hanabi. Naruto y sus aliados ahora montar una misión de rescate antes de encontrar ven envueltos en una batalla final para decidir el destino de todo.