Ninjas con los límites de línea de sangre (Kekkei Genkai) comienzan a desaparecer en todos los países y la culpa apunta hacia la nación del fuego, la cual aparentemente no ha sufrido ninguna baja de ninjas con limites de línea de sangre. Por orden de Tsunade, Kakashi va a ser sacrificado para evitar una guerra total entre los paises que sospechan y Konoha. Naruto lucha a través de amigos y enemigos para impedir su muerte al cambiar las mentes de aquellos que han heredado la voluntad de fuego.